自 1997 年以来，所有女性，无论其性取向如何，都有权进行体外受精。《注册伴侣法》（2016）第15（1-4）条赋予同性伴侣第二父母收养权，允许个人收养伴侣的孩子。

2023年6月20日，爱沙尼亚议会通过了《家庭法及其他相关法律改革法》（2023年），该法修改了婚姻的法律概念，以性别中立的术语进行定义，从而将婚姻平等合法化。此外，它还修改了许多其他条款，将已婚夫妇的权利和义务扩展到合法登记的伴侣关系，包括同性伴侣。该法律于2024年第一天生效。